對基質應根據具體情況予以精心選擇，基質的選用原則可以從三個方面考慮，一是植物根系的適應性；二是基質的適用性，三是基質的經濟性。
1.根系的適應性
無土基質的優點之一是可以創造植物根系生長所需要的最佳環境條件，即最佳的水氣比例。氣生根、肉質根需要很好的通氣性，同時需要保持根系周圍的濕度達80%以上，甚至100%的水氣。粗壯根系要求濕度達80%以上，通氣較好。在空氣濕度大的地區，一些透氣性良好的基質如松針、鋸末非常合適，而在大氣干燥的北方地區，這種基質的透氣性過大，根系容易風干。北方水質堿性，要求基質具有一定的氫離子濃度調節能力，選用泥炭混合基質的效果就比較好。
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2.基質的適用性
是指選用的基質是否適合所要種植的作物。一般來說，基質的容重在0.5左右，總孔隙度在60%左右，大小孔隙比在0.5左右，化學穩定性強（不易分解出影響物質），酸堿度接近中性，沒有有毒物質存在時，都是適用的。決定基質是否適用，還應該有針對性地進行栽培試驗，這樣可提高判斷的準確性。
3.基質的經濟性
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有些基質雖對植物生長有良好的作用，但來源不易或價格太高，因而不宜使用。現已證明，巖棉、泥炭、椰糠是較好的基質，但我國的農用巖棉仍需靠進口，這無疑會增加生產成本。泥炭在我國南方的貯量遠較北方少，而且價格也比較高，但南方作物的莖桿、稻殼、椰糠等植物性材料很豐富，如用這些材料作基質，則不愁來源，而且價格便宜。
因此，選用基質既要考慮對促進作物生長有良好效果，又要考慮基質來源容易，價格低廉，經濟效益高，不污染環境，使用方便（包括混合難易和消毒難易等），可利用時間長以及外觀潔美等因素。